高校机构知识库系统建设中存在的问题 ：
1. 开放存取理念在还未深入人心
一项对中国科学院科研人员的调查表明，90%以上的科研人员不知道“开放存取”是什么。由于机构知识库系统在国内刚刚起步，开放存取理念在还未深入人心，大部分用户对此都比较陌生，还不知道其价值所在，因此要说服他们使用机构知识库系统并主动提交共享自己的学术资源和研究成果还存在一定的困难。
2. 缺乏相关政策支持
开放存取作为一种新生事物，政府还没有出台相关的政策来指导、支持开放获取和机构知识库的部署、发展。缺乏实施开放存取、建设机构知识库系统的政策指导，机构知识库系统的未来发展肯定会受到影响。由于无法可依、无章可循，机构知识库系统，建设的规范性和系统性也势必会受到影响。
3. 资金短缺
机构知识库建设是一项需要投入大量人力、物力、财力的工程。要使机构知识库长期存在并发展壮大，就必须有足够的资金作基础。高校图书馆机构知识库建立的经费基本上都来自国家和机构的投资，由于在使用过程中不收取任何费用，因此经常会存在资金不足的问题。对我国高校而言，资金可以说是机构知识库建设的关键问题。
4. 质量问题
机构知识库由于其开放性，用户可以任意上传或下载，论文质量无法得到有效控制，如果不是所有的资源都具有高质量，那么开放获取模式所具有的快速与免费的优势，其价值是不大的。